Las micotoxinas son metabolitos secundarios producidos por ciertas cepas de hongos que se desarrollan en gran variedad de sustratos bajo condiciones de temperatura y humedad adecuadas. Estos metabolitos pueden convertirse en sustancias tóxicas y contaminar los alimentos, ya sea en el campo, antes de la recolección de la planta, como durante el almacenamiento de la misma.
Las micotoxinas afectan tanto a los aspectos nutricionales o endocrinos (reducción del consumo del alimento y de la absorción de nutrientes), como sanitarios (micotoxicosis e inmunosupresión).
Los efects tóxicos de las micotoxinas son variables dependiendo de su estructura química, concentración, duración de la exposición y de la especie animal afectada. En general, las especies monogástricas son más sensibles a las micotoxinas que los rumiantes. Animales de edad corta o avanzada también suelen verse más afectados por las micotoxinas. Por tanto, es de especial interés marcar unos niveles orientativos de contaminación, a partir de los cuales podemos sospechar una implicación por parte de las micotoxinas.
Estos niveles dependeran de la especie animal y de la micotoxina en cuestión. Entendemos como nivel bajo aquel en el que podriamos considerar seguro ofrecer estos alimentos a los animales. El nivel medio ya supone un cierto riesgo para los animales, aunque es posible que en determinadas circunstancias pase desapercibido, mientras que contaminaciones a nivel alto, seguramente tendrán consecuencias más o menos graves en los animales a nivel de campo.

Las micotoxinas son uno de los problemas de salud pública a los que con mayor dificultad a fin de poner límites a su presencia en los alimentos. Los potenciales efectos nocivos que este tipo de sustancias tienen sobre la salud humana, incluso a niveles bajos de exposición, únicamente permiten la adopción de medidas preventivas y de reducción de la contaminación, pero no su eliminación completa.

En el Real Decreto 90/2001, de 02/02/2001, se establecen los métodos de toma de muestras y de análisis para el control oficial del contenido máximo de aflatoxinas en cacahuetes, frutos de cáscara, frutos desecados, cereales, leche y los productos derivados de su transformación.

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